As instituições museológicas vinculadas ao Ibram se distribuem em nove estados do Brasil. Os museus estão sediados em edificações dos séculos XVIII, XIX e XX, construídas originalmente para outros usos. Dentre elas podem ser encontrados palácios, casas de câmara e cadeia, edificações militares, edifícios de uso religioso, imóveis residenciais e escola (a Academia de Belas Artes).

Os Museus Ibram ocupam uma área de mais de 931 mil m², composta por 99 edificações (81 mil m²), incluindo jardins históricos, espaços verdes, áreas de proteção ambiental e matas nativas. As áreas expositivas representam mais de 47 mil m².

Região Nordeste:
Museu Casa Histórica de Alcântara – Alcântara (MA)
Museu da Abolição – Recife (PE)

Região Centro-Oeste:
Museu Casa da Princesa (Casa Setecentista) – Pilar de Goiás (GO)
Museu das Bandeiras – Cidades de Goiás (GO)
Museu de Arte Sacra da Boa Morte – Cidade de Goiás (GO)

Região Sul:
Museu das Missões – São Miguel das Missões (RS)
Museu Victor Meirelles – Florianópolis (SC)

Região Sudeste:
Museu Casa da Hera – Vassouras (RJ)
Museu Casa de Benjamin Constant – Rio de Janeiro (RJ)
Museus Castro Maya – Rio de Janeiro (RJ)
Museu da Inconfidência – Ouro Preto (MG)
Museu da República – Rio de Janeiro (RJ)
Museu de Arqueologia / Socioambiental de Itaipu – Niterói (RJ)
Museu de Arte Religiosa e Tradicional – Cabo Frio (RJ)
Museu de Arte Sacra de Paraty – Paraty (RJ)
Museu do Diamante – Diamantina (MG)
Museu do Ouro – Casa Borba Gato – Sabará (MG)
Museu Forte Defensor Perpétuo – Paraty (RJ)
Museu Histórico Nacional – Rio de Janeiro (RJ)
Museu Imperial – Petrópolis (RJ)
Museu Lasar Segall – São Paulo (SP)
Museu Nacional de Belas Artes – Rio de Janeiro (RJ)
Museu Regional Casa dos Ottoni – Serro (MG)
Museu Regional de Caeté – Caeté (MG)
Museu Regional de São João del-Rei (MG)
Museu Solar Monjardim – Vitória (ES)
Museu Villa-Lobos – Rio de Janeiro (RJ